El 28 de Marzo, estuvo a cargo de una vasta operación en el Hospital Alejandro Posadas en la localidad de Haedo. Durante la operación, 40 personas fueron secuestradas, el resto fue puesto en licencia y el lugar se transformó en un centro secreto de detención. Bignone también estuvo a cargo de un centro de detención secreto en la Escuela Militar de Buenos Aires.

En uno de los testimonios del juicio a los militares se declaró que Bignone declaró en uno de los centros de detención que " en una guerra sucia el inocente paga por los culpables".

Probablemente uno de los puntos culminantes que hizo que Bignone entrara en la historia fue el encubrimiento. Bignone ya estaba retirado cuando fue llamado por la junta militar para reemplazar a Galtieri en la presidencia luego de la derrota de la Argentina en la guerra de las Malvinas. El 1º de Julio de 1982, dos semanas después de la renuncia de Galtieri, Bignone se transformó en el cuarto y último Presidente de facto.

Dándose cuenta que los militares no podían continuar en el poder a causa de la terrible depresión económica, el aumento de la presión a causa de los desaparecidos y la derrota de Malvinas, Bignone dio órdenes explícitas en un decreto secreto con el Nº 2726/83 para destruir toda la documentación que tuviera que ver con las detenciones y las desapariciones. Luego organizó elecciones democráticas para el regreso de un gobierno civil. Bajo su liderazgo, la Junta Militar tomó precauciones, antes de las elecciones, para lograr la inmunidad de todos los miembros militares ante la persecución debido a la llamada "guerra contra la subversión.", pero no fue logrado con éxito.

Bignone fue sentenciado a prisión por su participación en la represión, pero fue liberado antes de completar su condena como resultado de la presión militar.