La rendición de su primo Pío Tristán a las fuerzas de Belgrano, en Febrero de 1813, decidió la suerte de José Manuel de Goyeneche, a la sazón mariscal de campo de los ejércitos, reales. Quien había incursionado en el Nuevo Mundo a través de "veinticinco acciones contra los americanos", según subrayan sus biógrafos españoles, vio en la derrota de su pariente una especie de presagio infausto, y decidió entonces abandonar la guerra y retirarse de inmediato hacia la Península.

Aunque prácticamente sólo estuvo en América cinco años en la campaña hispanoamericana, este lustro fue suficiente para cubrirlo de brillo ante sus contemporáneos y la posteridad de los españoles. Aquéllos le confirieron múltiples honores, y ésta lo tiene como una figura respetable de su historia militar.

Nació en Arequipa, Perú, en 1775, pero se trasladó muy joven a la España, ya como miembro del ejército. De cadete de las milicias disciplinarias pasó a Teniente de caballería y Capitán de granaderos. Participó en la defensa de Cádiz en oportunidad de ser atacada esta ciudad dos veces por los ingleses, y estuvo en la última ocasión al mando de doscientos granaderos y de las dos baterías de Capuchinos y Plataforma.

Manuel Godoy, el Príncipe de la Paz, se interesó por el joven oficial y lo envió a recorrer Europa para que estudiara más profundamente los secretos de la guerra. Presenció, así, las maniobras de Berlín y Postdam (dirigidas por Guillermo de Prusia), las de Viena (a cargo del archiduque Carlos), Bruselas y París (organizadas por Napoleón Bonaparte). Aprovechó también para viajar por Inglaterra, Suiza, Italia, Holanda y Sajonia. A su regreso, redactó un informe que Godoy pasó a la Comisión Real, organismo éste que lo aprobó con elogios.

Con la invasión de Napoleón, en 1808, Goyeneche recibe el grado de brigadier y la orden de partir hacia el Río de la Plata, Se embarca en Cádiz en la goleta "Carmen" - al mando del alférez de navío Eugenio Cortés - el 25 de Junio de 1808 y arriba a Montevideo el 19 de Agosto. Cuatro días más tarde se encuentra en Buenos Aires y, al mes siguiente, recibe la designación de Presidente interino de la Audiencia de Cuzco.

Su primer encuentro con los patriotas americanos se efectúa el 25 de Octubre de 1809, cuando vence a los revolucionarios de la Paz, dirigidos por Pedro Domingo Murillo, a quien hace ejecutar junto con sus principales lugartenientes. En Mayo de 1810 recibe el mando del ejército realista que debía reconquistar las provincias rioplatenses para la corona española, y el 20 de Junio del año siguiente derrota a los patriotas en la batalla de Huaqui o del Desaguadero, triunfo éste que le hace acreedor, más tarde, a un título de Castilla: conde de Huaqui.

Los triunfos se siguen acumulando en la hoja de servicios de Goyeneche: el 8 de Julio de 1811 entra en la Paz; el 13 de Agosto vence en Sipesipe; el mismo mes triunfa en Cochabamba. Pero en 1813, con la capitulación de Tristán, inicia negociaciones con Belgrano para interrumpir las hostilidades. Renuncia como General en jefe y retorna a España.

Al regresar de su cautiverio, Fernando VII reconoce sus servicios, designándolo Teniente General. Las distinciones y nombramientos se añaden con rapidez a su historial. Condecorado con la Gran Cruz de Isabel la Católica, es también Ministro de la Asamblea de esta venerable orden, vocal de la Junta de Generales de América y gentilhombre de cámara agregado al cuarto del Infante Don Antonio.

Más tarde se lo nombra para presidir la Junta de Arreglo de Comercio de Ultramar, y no tarda en alcanzar la dignidad de consejero honorario de Estado. El Papa Gregorio XVI lo distingue el 3 de Abril de 1832 con la Gran Cruz de Comendador de la Orden de San Gregorio, y bajo el reinado de Isabel III llega a la cúspide, al ser designado prócer y senador del Reino, recibiendo también las grandes cruces de San Hermenegildo y Carlos III y el título de caballero del hábito de Santiago. El 4 de Septiembre de 1846, la reina lo nombra Grande de España. Precisamente moriría al mes siguiente, a los 71 años de edad.