Español, oriundo de Madrid, nació en 1784. Muy joven llegó al Río de la Plata donde se radicó con su familia. Estudió en el Colegio Monserrat de Córdoba y luego se graduó de abogado, en la Universidad de Santiago de Chile, en 1809. Hallándose en Buenos Aires, en 1810, tomó activa participación en los sucesos de Mayo. El 18 de Septiembre de 1810, la Junta le encargó la misión de entrevistarse con los miembros del Cabildo de Santiago de Chile para ponerlos al tanto de los sucesos de Buenos Aires. Llegó a Santiago en octubre, ya producidos los cambios políticos que habían dado lugar a la formación de una Junta, y se presentó ante las nuevas autoridades, auspiciando la unión entre ambos gobiernos. El 29 de Noviembre, la Junta le amplió sus poderes, pero habiendo enfermado debió regresar a Buenos Aires. En Enero de 1812, al renovarse las autoridades del Cabildo de Buenos Aires, se le designó regidor sexto y defensor de menores.

Al producirse la revolución del 8 de Octubre de 1812, resultó electo por gran mayoría de votos para integrar el segundo Triunvirato con Paso y Nicolás Rodríguez Peña. Posteriormente fue designado miembro de una comisión destinada al Alto Perú para establecer allí el orden político y administrativo. En Diciembre de 1814, esta comisión recibió la orden de investigar las causas de las derrotas de Vilcapugio y Ayohúma sufridas por el ejército al mando de Belgrano, quien después de las indagaciones respectivas fue absuelto de todos los cargos que se le habían formulado. En 1815, de regreso en Buenos Aires, Alvarez Jonte fue arrastrado por la caída de Alvear, de quien era partidario. Desterrado, se embarcó para Londres y regresó a América en compañía de lord Cochrane, desembarcando en Chile el 28 de Noviembre de 1818. Luego fue designado secretario de la escuadra que realizó la campaña del Callao y Valdivia y, en enero de 1820, el General San Martín lo nombró auditor de guerra del ejército que partió al Perú. Gravemente enfermo desembarcó en Pisco, donde falleció el 18 de Octubre de ese mismo año.