En 1943 se unió a un complot militar que derrocó al gobierno civil de Argentina. El régimen militar que subió al poder los siguientes tres años tuvieron mucha influencia de Perón, quien prudentemente solicitó un puesto menor como Secretario de Trabajo y Bienestar Social. En 1945 se convirtió en Vice Presidente y Ministro de Guerra. Poco a poco fue ganando más respeto y notoriedad, sobre todo por el apoyo que obtuvo de los trabajadores no privilegiados llamados "descamisados" y por su popularidad y autoridad en el ejército.

A principios de Octubre de 1945, Perón fue sacado de su puesto por un levantamiento civil y militar. Pero su hermosa y dinámica amante, Eva Duarte, y los compañeros de uniones de trabajadores reunieron a los trabajadores de todo el Gran Buenos Aires, y con esa presión, Perón fue liberado de la custodia el 17 de Octubre de 1945. Esa noche, desde el balcón de la casa Rosada (Casa de Gobierno), Perón habló para 300,000 personas, y sus palabras fueron retransmitidas por radio a todo el país. Prometió conducir a la gente a la victoria en la elección presidencial pendiente y a construir una nación fuerte y justa. Unos días después se casó con Eva, o Evita, como era popularmente llamada, quien lo ayudó a dirigir la Argentina en los años que siguieron. Perón fue elegido Presidente en Febrero de 1946 con el 56 por ciento de los votos.

Perón puso a la Argentina en un curso de industrialización e intervención de la economía, calculada para proveer mejores beneficios sociales para la clase obrera. También adoptó una fuerte política anti-Estados Unidos y anti-Británica, predicando las virtudes de la llamada Tercera Posición, entre el comunismo y el capitalismo.

Si bien, él no revolucionó estructuralmente a la Argentina, transforma a la Nación. Basando su gobierno en una doctrina llamada Justicialismo, Perón mostró beneficios a los trabajadores, a través de aumentos y otros beneficios. Nacionalizó los trenes y financió grandes obras públicas. 

Una de las últimas pariciones de Evita en el balcón de la Casa Rosada

Los fondos para esas obras provinieron de las exportaciones que realizó la Argentina durante la Segunda Guerra Mundial. Reelegido luego en 1951, Perón modificó algunas de sus políticas. Pero fue depuesto y enviado a Paraguay el 19 de Septiembre de 1955, luego de un levantamiento de la armada y el ejército quienes se justificaron por el descontento popular por la inflación, corrupción y opresión.

El General Perón junto a María Estela Martinez

Perón finalmente se instaló en Madrid. Ahí, en 1961 se casó por tercera vez (su primera esposa murió de cancer, al igual que Evita en 1952); su nueva esposa fue María Estela Martínez, una bailarina argentina. en España, Perón trabajó para asegurar, si no era su regreso a la Argentina, que iba perdurar como líder de millones de seguidores Peronistas, cuya memoria del régimen de Perón mejoraba día a día. Elecciones tras elecciones, el Pernismo emergía como más y más importante. Ni los regímenes civiles ni los militares que gobernaron la Argentina luego de 1955, pudieron resolver los problemas de la Argentina.

Franco despide a Perón de su exilio

El régimen militar del General Alejandro Lanusse, quien tomó el poder en Marzo de 1971, proclamó su intención de restaurar la democracia constitucional a fines de 1973 y permitir el reestablecimiento de los partidos políticos, incluyendo al Partido Peronista. Luego de una invitación del Gobierno Militar, Perón volvió a la Argentina por un corto tiempo en Noviembre de 1972. En las elecciones de Marzo de 1973, los candidatos peronistas ganaron las elecciones y la mayoría en la legislatura, y, en Junio, Perón fue invitado a regresar a la Argentina.

En Octubre, en una elección especial, fue elegido Presidente, y por su insistencia, su esposa - a quien los argentinos no le tenían cariño - se convirtió en Vicepresidente.

Murió el 1 de Julio de 1974, dejando a su esposa como Presidente.