Juan Facundo Ouiroga nació en 1778, en San Antonio, departamento de Los Llanos, en la provincia de La Rioja. A los 16 años comenzó a conducir las arrias de su padre, el estanciero José Prudencio Ouiroga. Tras un breve paso como voluntario por el Regimiento de granaderos a caballo, en Buenos Aires, regresó en 1816 a La Rioja, donde colaboró activamente con el ejército del norte que luchaba contra los realistas, proveyéndolo de ganado y tropas. En 1818 recibió de Pueyrredón el título de "benemérito de la Patria" y a fines de ese año intervino destacadamente para sofocar un motín de prisioneros españoles en San Luis.

A partir de 1820, con el cargo de jefe de las milicias de Los llanos, se inició en La Rioja la preponderancia de Quiroga. Convertido en árbitro de la situación riojana, contribuyó a colocar en el gobierno provincial a Nicolás Dávila, quien en ausencia de Quiroga intentó apoderarse de la artillería y el parque de Los Llanos. El caudiillo derrotó al Gobernador en el combate de El Puesto y aunque asumió la gobernación sólo por tres meses - 28 de marzo al 28 de Junio de 1823 - continuó siendo, en los hechos, la suprema autoridad riojana.

Quiroga brindó su apoyo entusiasta al Congreso de 1824 reunido en Buenos Aires, pero pronto se produjo su ruptura con los unitarios porteños. En esos momentos, el gobierno de La Rioja se asoció con un grupo de capitalistas nacionales encabezados por Braulio Costa, a quien se otorgó la concesión para explotar las minas de plata del cerro de Famatina. Facundo, como comandante del Departamento, fue también accionista de la compañía y, por el convenio, quedó encargado de asegurar la explotación, con cuyo producto se acuñaría moneda a través del Banco de Rescate y la Casa de Moneda de La Rioja. Sin embargo, la designación de Rivadavia como Presidente de la República, en 1826, alteró estos planes. El Presidente, que durante su permanencia en Inglaterra había promovido la formación de una compañía minera, nacionalizó la riqueza del subsuelo y también la moneda, prohibiendo la acuñación a toda institución que no fuera el Banco Nacional, por él creado. La reacción de Quiroga fue inmediata. Junto a los otros gobernadores que resistían la política centralista de Rivadavia que culminó con la sanción de la Constitución unitaria, se levantó en armas contra el presidente, enarbolando su famoso lema de Religión o Muerte. Su lucha contra los unitarios había comenzado, en realidad, en 1825, cuando Quiroga derrotó a La Madrid - usurpador del gobierno de Tucumán - en El Tala y Rincón de Valladares.

Caído Rivadavia, Quiroga apoyó la efímera gestión de Dorrego, cuyo fusilamiento volvió a encender la chispa de la guerra civil. Facundo se convirtió entonces en figura descollante del movimiento federal y, en el interior, enfrentó a las fuerzas unitarias del General Paz. El Tigre de Los Llanos, como lo llamaban amigos y adversarios, cayó derrotado en La Tablada y en Oncativo. En Buenos Aires, con la ayuda de Rosas, formó una nueva fuerza, llamada División de Los Andes, Al frente de ella ocupó San Luis y Mendoza, en Córdoba persiguió a La Madrid - el jefe de las fuerzas unitarias después de la captura de Paz - y, ya en tierra tucumana, lo derrotó completamente en La Ciudadela. En esos momentos su poder y su prestigio alcanzaban el punto más alto. Después de participar en la etapa preparatoria de la campana del desierto realizada por Rosas, permaneció con su familia en Buenos Aires durante un tiempo. En 1834, a pedido de Maza, gobernador de Buenos Aires, y del propio Rosas, medió en un conflicto entre Salta y Tucumán.  En Santiago del Estero se enteró del asesinato de De La Torre, gobernador salteño. Cumplida su misión en el norte, Quiroga emprendió el regreso hacia Buenos Aires, desoyendo las advertencias sobre la posibilidad de que se lo intentara asesinar y rechazando el ofrecimiento de protección que le hizo Ibarra, el gobernador santiagueño. Su coraje lo condujo, una vez más, a enfrentarse con la muerte. Pero en esta oportunidad, el Tigre perdió la partida: en Barranca Yaco fue ultimado por un grupo de asesinos enviados por los hermanos Reynafé, a la sazón dueños del gobierno de Córdoba.